研究所所标外环是个“S”，代表陕西省。内部“W”代表研究所主要从事微生物研究。“W”近看象一朵莲花，寓意研究所的春天即将到来，广大科研工作者将在微生物领域创造更多的成果。“W”远看又象一座大山，寓意广大科研工作者将努力攀越一座座高山，并积极培育研究所“开拓、包容、创新、超越”的科研精神。所标底部的陕西地图，寓意研究所将积极发挥区域创新优势，并积极为陕西当地做贡献。